核酸配列やアミノ酸配列にリッチな注釈を付与し、遺伝子の機能解釈支援や目的遺伝子のリストアップを行います。
（１）NCBI-nrへのBLASTによるアノテーションの付与 （２）OrthologDBであるEggNOGによるアノテーション （３）Interproによるアノテーション （５）RNA-seq リード の利用
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基本情報
（１）NCBI-nrへのBLAST(diamond)を実行し、3種類のタブ区切りテキストを提供します。 ・Scoreが低い結果も含めた全BLAST結果 ・Best hit protein=TOPヒット ・Named best hit protein=definitionに意味がある記述があるTOPヒット （２）OrthologDBであるEggNOG（http://eggnog5.embl.de/#/app/home）への検索結果をタブ区切りテキストで提供します。 ・Preferred name=Gene name ・Description=Gene description ・Gos ・EC ・KEGG ・CAZy ・BiGG_Reaction ・PFAMs （３）Interproは、複数のdomainデータベースを統合したデータベースです。これに検索を行うことにより、１Queryに対して、複数データベース由来の複数のdomain情報が付与されます。 （４）RNA-seqのリードを利用して、Assembled-mRNA配列し、ゲノムへのマッピングデータを提供します。
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用途／実績例
・注目する遺伝子（アミノ酸配列）の機能解釈を支援します。 ・特定の機能を持つと思われる遺伝子（アミノ酸配列）を抽出します。
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企業情報
創業1987年以来、株式会社メイズは、IT技術をベースに、バイオテクノロジー分野において、研究支援というスタンスで業務を行ってきました。 特に、非モデル生物、新規ゲノム、ゲノム構造が複雑な生物、比較ゲノム解析など、定型サービスでは対応が難しい研究テーマに対して、研究者の皆様とともに課題を整理し、最適な解析戦略と情報活用方法を提案し、実行します。 このような課題をお持ちではありませんか？ ・非モデル生物や新規生物種のゲノムを解読したい ・新規ゲノムのアセンブリやアノテーションを行いたい ・倍数体や多核体、高ヘテロ接合性など、解析結果に影響するゲノム特性を評価したい ・比較ゲノム解析を通じて生物学的な特徴を明らかにしたい ・ゲノム情報を研究コミュニティで共有・活用する仕組みを構築したい お困りのことがあれば、課題の大小に関わらず、我々にご相談ください。
