ゲノムアセンブル、Phasing、Scaffolding、遺伝子予測やアノテーションを含めたデータセットで、実験を強力に支援！
PacBioが出力するロングリード配列を利用して、Assembleパイプラインを実行することにより、染色体に近づくような高品質なContig配列が得られます。 さらに、Phasing（アレルごとのContigが分離されて出力される）やScaffoldingも実現できるようになっています。 ・最新の技術を使用して、ゲノム配列のassemblyや遺伝子予測、機能注釈を含めたリファレンスデータの作成を行います。 ・生物種により、必ずしも同じ手順で、期待通りの結果をなるとは限らず、データ解析の各段階で評価を行いながら手法を検討して進めます。 ・出力結果を検索参照できるWebシステムも提供します。
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基本情報
・k-mer解析によるゲノムDNAの評価を行います。 ・PacBioのHifi readsをベースに、NanoporeのUltra long readやTrioのショートリードを利用してAssembleを行います。 加えて、Phasingの結果やScaffoldingの状況を評価します。 ・Phasingがうまくいった場合は、それぞれのアレルごとに遺伝子予測を行います。 遺伝子予測には、RNA-seqのリードを使用します。 ・遺伝子予測に使用したRNA-seqのリードから、Assembled-mRNA配列を作成します。さらに、その配列をゲノム配列にmappingしてGFFファイルを作成します。 ・予測遺伝子とAssembled-mRAN配列にアノテーションを付与し、その結果をGFFファイルに挿入します。 ・これらのデータを検索表示する遺伝子カタログデータベース「Ansrch」（Webシステム）を提供することもできます。
価格帯
納期
用途／実績例
実験のためのリファレンス情報として利用されます。 公開用のデータとしても利用されます。
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企業情報
創業1987年以来、株式会社メイズは、IT技術をベースに、バイオテクノロジー分野において、研究支援というスタンスで業務を行ってきました。 特に、非モデル生物、新規ゲノム、ゲノム構造が複雑な生物、比較ゲノム解析など、定型サービスでは対応が難しい研究テーマに対して、研究者の皆様とともに課題を整理し、最適な解析戦略と情報活用方法を提案し、実行します。 このような課題をお持ちではありませんか？ ・非モデル生物や新規生物種のゲノムを解読したい ・新規ゲノムのアセンブリやアノテーションを行いたい ・倍数体や多核体、高ヘテロ接合性など、解析結果に影響するゲノム特性を評価したい ・比較ゲノム解析を通じて生物学的な特徴を明らかにしたい ・ゲノム情報を研究コミュニティで共有・活用する仕組みを構築したい お困りのことがあれば、課題の大小に関わらず、我々にご相談ください。
