高速スクリーニング計算機能を持つドラッグデザインパッケージソフト
MolDesk Screeningは、創薬支援用分子シミュレーションシステムmyPrestoを効率的に利用するためのGUIプログラムで、株式会社情報数理バイオが開発した製品です。myPrestoは、経済産業省、NEDO及びAMEDからの委託プロジェクトの中で開発されました。MolDesk Screening ver.1.1では、200万化合物を、PC (8並列）で半日から2日でバーチャルスクリーニングできます。バーチャルスクリーニングでは、ドッキングスコア順、MTS法、機械学習MTS法、機械学習DSI法の４つの異なるランキング手法を、状況に応じて使い分けることができます。 【特長】 ■スレッド並列で高速にスクリーニング計算を実行 ■上位化合物のドッキングポーズ確認が容易 ■myPrestoのMolsiteによる高精度なポケット探索が可能 ■タンパク質のアミノ酸を他のアミノ酸へ置換可能(化学修飾したアミノ酸を含む40種類に対応) ■MPI/GPU（NVIDIA CUDA）による高速なMD並列計算 詳しくはカタログをご覧頂くか、お気軽にお問い合わせ下さい。
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基本情報
【機能概要】 ■入力ファイル：pdb、mol2、sdf、mol ・mol2は、マルチmol2形式に対応 ■タンパク質の編集 ・水素原子付加、不要な部分の削除、未端処理など ・エピゲノム修飾に使える40種類のアミノ酸変換 ■化合物の編集 ・化合物の新規作成や、既存分子の編集 ・2D構造から3D構造への変換、水素原子付加、MOPAC7電荷生成など ■構造最適化、MD計算 ・分子の構造最適化、MD計算、水溶媒・中和イオンの付加など ■タンパク質-化合物ドッキング ・タンパク質のポケット指定、ドッキング計算、溶液NMR実験シグナルによるドッキング構造の補正 ■タンパク質のリガンド結合ポケット探索 ■バーチャルスクリーニング ・ドッキングスコア順、MTS法、機械学習MTS法、機械学習DSI法（ターゲットタンパク質不要）（並列計算） ■その他 ※詳しくはカタログをご覧頂くか、お気軽にお問い合わせ下さい。
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企業情報
株式会社バイオモデリングリサーチは、ライフサイエンス分野の研究を、分子シミュレーション・分子モデリング等のIT技術によって支援する会社です。 創薬用分子シミュレーションの環境設定・活用支援、創薬支援用ソフトウェア販売、分子模型販売、研究用計算機プログラム作成、データ解析、講演会開催支援等を行っております。
